مقدمه ای بر توالی یابی نسل جدید و کاربرد های آن

نوع مقاله : مقاله ترویجی

نویسندگان
الهه محمودی
مینا امین
دانشگاه کاشان
چکیده
تعیین توالی DNAاز مهم­ترین روش­ها در زیست­ شناسی است که توسط آن می ­توان ترتیب قرار گرفتن نوکلئوتیدها را در یک قطعه از DNA مشخص کرد. چندین روش متفاوت در تعیین توالی DNA وجود دارد که روش­های قدیمی­تر،  مانند روش Sanger  زمان­بر و پرهزینه است و لذا محققان برای کاهش هزینه­ های توالی ­یابی و توان عملکردی بالا روش های جدیدتر توالی ­یابی را ابداع کرده اند؛ امروزه توالی ­یابی را می­توان به سه نسل تقسیم ­بندی کرد. روش های نسل جدید  قادر به توالی­یابی سریع و همزمان قطعات بزرگ DNAاست. به کمک روش های نسل جدید می­توان توالی­ یابی کل ژنوم، توالی ­یابی مناطق هدف، تعیین توالی از نو و سر­هم ­بندی، تعیین توالی RNA و تغییرات وراژنتیکی را بررسی کرد. با توجه به اینکه هر روش از توالی ­یابی نسل جدید معایب و مزایایی دارند، از این رو مهم­ترین امر در زمینه روش های توالی ­یابی این است که محققین بر اساس ویژگی­های طرح پژوهشی خود، مناسب­ترین روش توالی ­یابی را از نظر کارایی انتخاب کنند.

کلیدواژه‌ها

  1. Hui, P. (2014). Next Generation Sequencing: Chemistry, Technology and Applications, Topics in Current Chemistry, Vol. 336, PP. 1-18.
  2. Brown, T. A. (2010). Gene cloning and DNA analysis: an introduction, 6nd Edition, Wily –Black well press, New Jersey, United States, PP. 165- 84.
  3. Heather, J. M., Chain, B. (2016). The sequence of sequencers: The history of sequencing DNA, Genomics, Vol. 107, No. 1, PP. 1-8.
  4. Gaastra, W. (1985). Chemical cleavage (maxam and gilbert) method for DNA sequence determination, Methods in molecular biology, Vol. 2, PP. 333-341.
  5. Ansorge, W. J. (2009). Next-generation DNA sequencing techniques, New Biotechnology, Vol. 25, No. 4, PP. 195-203.
  6. Huse, S. M., Huber, J. A., Morrison, H. G., Sogin, M. L., Welch, D. M. (2007). Accuracy and quality of massively parallel DNA pyrosequencing, Genome Biology, Vol. 8, No. 7, PP. 143.
  7. Escalante, A. E., Barbolla, L. J., Ramírez-Barahona, S., Eguiarte, L. E. (2014). The study of biodiversity in the era of massive sequencing, Revista Mexicana de Biodiversidad, Vol. 85, No. 4, PP. 1249-1264.

8 Gupta, A. K., Gupta, U. D. (2014). Next Generation Sequencing and Its Applications, Animal Biotechnology, PP. 345-367.

  1. Mardis, E. R. (2008). The impact of next-generation sequencing technology on genetics, Trends in genetics, Vol. 24, No. 3, PP. 133-141.
  2. Anderson, M. W., Schrijver, I. (2010). Next Generation DNA Sequencing and the Future of Genomic Medicine, Genes, Vol. 1, PP. 38-69.
  3. Diaz-Sanchez, S., Hanning, I., Pendleton, S., D’Souza, D. (2013). Next-generation sequencing: The future of molecular genetics, Poultry Science, Vol. 92, No. 2, PP. 562–572.
  4. Mardis, E. R. (2008). Next-generation DNA sequencing methods, Annual review of genomics and human genetics, Vol. 9, PP. 387-402.
  5. Gupta, P. K. (2008). Single-molecule DNA sequencing technologies for future genomics research, Trends in biotechnology, Vol. 26, No. 11, PP. 602-611.
  6. Pareek, C. S., Smoczynski, R., Tretyn, A. (2011). Sequencing technologies and genome sequencing, Journal of applied genetics, Vol. 52, No. 4, PP. 413-435.
  7. 15. Kaiser, J. (2008). DNA sequencing. A Plan to Capture Human Diversity in 1000 Genomes, Science, Vol. 319, No. 5862, PP. 395.
  8. Xuan, J., Yu, Y., Qing, T., Guo, L., Shi, L. (2013). Next-generation sequencing in the clinic: promises and challenges, Cancer Letters, Vol. 340, No. 2, PP. 284-295.
  9. Ossowski, S., Schneeberger, K., Clark, R. M., Lanz, C., Warthmann, N., Weigel, D. (2008). Sequencing of natural strains of Arabidopsis thaliana with short reads, Genome research, Vol. 18, No. 12, PP. 2024-2033.
  10. Pease, J., Sooknanan, R. (2012). A rapid, directional RNA-seq library preparation workflow for Illumina[reg] sequencing. Nature Methods, Vol. 9, No. 310. PP. 1-2.
  11. Furey, T. S. (2012). ChIP-seq and beyond: new and improved methodologies to detect and characterize protein-DNA interactions, Nature Reviews Genetics, Vol. 13, No. 12, PP. 840-852.
  12. Forshew, T., Murtaza, M., Parkinson, C., Gale, D., Tsui, DW., Kaper, F., et al. (2012). Noninvasive identification and monitoring of cancer mutations by targeted deep sequencing of plasma DNA, Science translational medicine, Vol. 4, No. 136, PP. 136-168.

  • تاریخ دریافت 19 مهر 1399
  • تاریخ بازنگری 19 اسفند 1399
  • تاریخ پذیرش 12 آذر 1400