مجله زیست شناسی ایران
بررسی تکامل ژنتیکی کروناویروس جدید ۲۰۱۹ و کروناویروس سایر گونه‌ها
نویسنده
کرمانشاه، دانشگاه رازی، دانشکده علوم، گروه زیست شناسی
چکیده
بیماری کرونا ویروس 2109 (COVID-19) که با ویروس سندروم حادتنفسی2 (SARS-CoV-2) ایجاد شده‌است، یک نگرانی بین المللی در زمینه بهداشت عمومی است. با این حال، هنوز اختلافاتی در مورد منشا این ویروس و میزبان حدواسط آن وجود دارد. در اینجا ما کشف کردیم که ویروس کرونا جدید ارتباط نزدیکی با کرونا ویروس های به‌دست‌آمده از پنج حیوان وحشی شامل سه گونه سیوت، سیوت نخلی نقابدار (Paguma larvata)، سیوت نخلی آسیایی (Paradoxurus hermaphroditus) و گونه دیگری از سیوت و دو گونه خفاش، نعل اسبی سینکوس (Rhinolophus sinicus) و بینی برگه ای سه دندانه ای (Aselliscus stoliczkanus)، دارد که در یک انشعاب در درخت فیلوژنتیک بودند. با این حال، هومولوژی ژنگان (genome) و ORF1a نشان می‌دهد که این ویروس جدید همانند ویروس مشتق‌شده از این پنج حیوان نیست، در حالی که ویروس بالاترین هومولوژی را با کرونا ویروس خفاشRaTG13 دارد.
کلیدواژه‌ها
Association, S.E.G.f.C.o.t.E.o.N.C.P.o.t.C.P.M., 2020. An update on the epidemiological characteristics of novel coronavirus pneumonia(COVID-19). Zhonghua Liu Xing Bing Xue Za Zhi 41, 139–144. https://doi.org/10.3760/cma.j.issn.0254-6450.2020.02. 002.
Ceraolo, C., Giorgi, F.M., 2020. Genomic variance of the 2019-nCoV coronavirus. J. Med. Virol. https://doi.org/10.1002/jmv.25700.
Guo, Q., Li, M., Wang, C., Wang, P., Fang, Z., Tan, J., Wu, S., Xiao, Y., Zhu, H., 2020. Host and infectivity prediction of Wuhan 2019 novel coronavirus using deep learning algorithm. bioRxiv. https://doi.org/10.1101/2020.01.21.914044.
Ji, W., Wang, W., Zhao, X., Zai, J., Li, X., 2020. Cross-species transmission of the newly identified coronavirus 2019-nCoV. J. Med. Virol. 92, 433–440. https://doi.org/10. 1002/jmv.25682.
Jiang, S., Shi, Z.L., 2020. The first disease X is caused by a highly transmissible acute respiratory syndrome coronavirus. Virol. Sin. https://doi.org/10.1007/s12250-020- 00206-5.
Lai, C.C., Shih, T.P., Ko, W.C., Tang, H.J., Hsueh, P.R., 2020. Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) and coronavirus disease-2019 (COVID-19): the epidemic and the challenges. Int. J. Antimicrob. Agents 105924. https://doi.org/ 10.1016/j.ijantimicag.2020.105924.
Lam, T.T.-Y., Shum, M.H.-H., Zhu, H.-C., Tong, Y.-G., Ni, X.-B., Liao, Y.-S., Wei, W., Cheung, W.Y.-M., Li, W.-J., Li, L.-F., Leung, G.M., Holmes, E.C., Hu, Y.-L., Guan, Y., 2020. Identification of 2019-nCoV related coronaviruses in Malayan pangolins in southern China. bioRxiv. https://doi.org/10.1101/2020.02.13.945485.
Li, X., Zai, J., Zhao, Q., Nie, Q., Li, Y., Foley, B.T., Chaillon, A., 2020. Evolutionary history, potential intermediate animal host, and cross-species analyses of SARS-CoV-2. J. Med. Virol. https://doi.org/10.1002/jmv.25731.
Liu, P., Jiang, J.-Z., Wan, X.-F., Hua, Y., Wang, X., Hou, F., Chen, J., Zou, J., Chen, J., 2020a. Are pangolins the intermediate host of the 2019 novel coronavirus (2019- nCoV)? bioRxiv. https://doi.org/10.1101/2020.02.18.954628.
Liu, Z., Xiao, X., Wei, X., Li, J., Yang, J., Tan, H., Zhu, J., Zhang, Q., Wu, J., Liu, L., 2020b. Composition and divergence of coronavirus spike proteins and host ACE2 receptors predict potential intermediate hosts of SARS-CoV-2. J. Med. Virol. https://doi.org/ 10.1002/jmv.25726.
Lu, R., Zhao, X., Li, J., Niu, P., Yang, B., Wu, H., Wang, W., Song, H., Huang, B., Zhu, N., Bi, Y., Ma, X., Zhan, F., Wang, L., Hu, T., Zhou, H., Hu, Z., Zhou, W., Zhao, L., Chen, J., Meng, Y., Wang, J., Lin, Y., Yuan, J., Xie, Z., Ma, J., Liu, W.J., Wang, D., Xu, W., Holmes, E.C., Gao, G.F., Wu, G., Chen, W., Shi, W., Tan, W., 2020. Genomic characterisation and epidemiology of 2019 novel coronavirus: implications for virus origins and receptor binding. Lancet 395, 565–574. https://doi.org/10.1016/S0140- 6736(20)30251-8.
Paraskevis, D., Kostaki, E.G., Magiorkinis, G., Panayiotakopoulos, G., Sourvinos, G., Tsiodras, S., 2020. Full-genome evolutionary analysis of the novel corona virus (2019-nCoV) rejects the hypothesis of emergence as a result of a recent recombination event. Infect. Genet. Evol. 79, 104212. https://doi.org/10.1016/j.meegid.2020. 104212.
Shen, Z., Xiao, Y., Kang, L., Ma, W., Shi, L., Zhang, L., Zhou, Z., Yang, J., Zhong, J., Yang, D., Guo, L., Zhang, G., Li, H., Xu, Y., Chen, M., Gao, Z., Wang, J., Ren, L., Li, M., 2020. Genomic diversity of SARS-CoV-2 in coronavirus disease 2019 patients. Clin. Infect. Dis. https://doi.org/10.1093/cid/ciaa203.
Su, S., Li, X., Hao, H., Wang, X.-Y., Zhang, M.-M., Geng, H., Ma, M., 2020. Advances in research on SARS-CoV-2. J. Xi’an Jiaotong Univ.(Medical Sciences) 41 (preprint), 1–7. http://kns.cnki.net/kcms/detail/61.1399.R.20200224.0944.010.html.
Xiao, K., Zhai, J., Feng, Y., Zhou, N., Zhang, X., Zou, J.-J., Li, N., Guo, Y., Li, X., Shen, X., Zhang, Z., Shu, F., Huang, W., Li, Y., Zhang, Z., Chen, R.-A., Wu, Y.-J., Peng, S.-M., Huang, M., Xie, W.-J., Cai, Q.-H., Hou, F.-H., Liu, Y., Chen, W., Xiao, L., Shen, Y., 2020. Isolation and characterization of 2019-nCoV-like coronavirus from Malayan pangolins. bioRxiv. https://doi.org/10.1101/2020.02.17.951335.
Yang, Y., Chen, S., Ren, L., 2020. Genetic evolution analysis of Marten coronavirus and 2019 novel coronavirus. Chin. J. Anim. Health Inspection 37 Accepted.
Zhang, C., Zheng, W., Huang, X., Bell, E.W., Zhou, X., Zhang, Y., 2020a. Protein structure and sequence re-analysis of 2019-nCoV genome does not indicate snakes as its intermediate host or the unique similarity between its spike protein insertions and HIV- 1. bioRxiv. https://doi.org/10.1101/2020.02.04.933135.
Zhang, T., Wu, Q., Zhang, Z., 2020b. Pangolin homology associated with 2019-nCoV. bioRxiv. https://doi.org/10.1101/2020.02.19.950253.
Zhao, W., Song, S., Chen, M., Zou, D., Ma, L., Ma, Y., Li, R., Hao, L., Li, C., Tian, D., Tang, B., Wang, Y., Zhu, J., Chen, H., Zhang, Z., Xue, Y., Bao, Y., 2020. The 2019 novel coronavirus resource. Hereditas 42, 212–221. https://doi.org/10.16288/j.yczz.20- 030.
Zhou, P., Yang, X.L., Wang, X.G., Hu, B., Zhang, L., Zhang, W., Si, H.R., Zhu, Y., Li, B., Huang, C.L., Chen, H.D., Chen, J., Luo, Y., Guo, H., Jiang, R.D., Liu, M.Q., Chen, Y., Shen, X.R., Wang, X., Zheng, X.S., Zhao, K., Chen, Q.J., Deng, F., Liu, L.L., Yan, B., Zhan, F.X., Wang, Y.Y., Xiao, G.F., Shi, Z.L., 2020. A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin. Nature. https://doi.org/10.1038/ s41586-020-2012-7.
)
دوره 4، شماره 7 - شماره پیاپی 7
اردیبهشت 1399صفحه 227-230
- تاریخ دریافت: 22 اسفند 1398
- تاریخ بازنگری: 10 تیر 1399
- تاریخ پذیرش: 10 تیر 1399