اهمیت روش DNA barcoding در مطالعات بیماری شناسی گیاهی

نوع مقاله : مقاله مروری

نویسندگان

1 عضو باشگاه پژوهشگران جوان و نخبگان، دانشگاه آزاد اسلامی سنندج

2 عضو باشگاه پژوهشگران جوان و نخبگان دانشگاه ازاد اسلامی سنندج

چکیده

یکی از روش های متدوال در شناسایی موجودات بهره گیری از قطعات کوچک و استاندارد DNA است، که به آن در اصطلاح DNA barcoding اطلاق می شود، زیرا مانند یک برچسب بارکد برای هر تاکسون عمل می کند. این روش به دلیل اهمیت و در عین حال سادگی، مورد توجه بسیاری از پژوهشگران علم رده بندی و آرایه شناسی (taxonomy)، بوم شناسان، زیست شناسان، اکولوژیست‌ها قرار گرفته است و تعداد مطالعات مرتبط با آن در حال افزایش است. وجود تنوع زیاد در بین موجودات و اهمیت برخی از آنها مانند حشرات و میکروارگانیسم ها از دیدگاه اقتصادی، همه گیری شناسی و کشاورزی موجب شده تا بارکد گذاری آنها اهمیت ویژه ای پیدا کند، هرچند انتقاداتی هم بر آن وارد است، در این مقاله تلاش شده است، برخی از مزایا و چالش های مرتبط با این روش مورد بحث و بررسی قرار گیرد.
 

کلیدواژه‌ها

Jinbo, U., Kato, T., Ito, M. (2011), Current progress in DNA barcoding and future implications for entomology. Entomological Science. 14:107-124.
Valentini, A., Pompanon, F., Taberlet, P. (2009), DNA barcoding for ecologists. Ternds in Ecology & Evolution. 24:110-117.
Purty, R.S., Chatterjee, S. (2016), DNA Barcoding: An Effective Technique in Molecular Taxonomy. Austin J Biotechnol Bioeng. 2016; 3(1): 1059.
Jeanson, M. L., Labat, J., Little, D. P. (2011), DNA barcoding: a new tool for palm taxonomists. Annals of Botany. 108(8):1-7..
Hebert P.D., Cywinska A., Ball S.L., (2003), deWaard J.R. Biological identifications through DNA barcodes. Proc Biol Sci.; 270: 313-321.
Fazekas, A.J., Burgess, K.S., Kesanakurti , P.R., Graham, S.W., Newmaster, S.G., Husband, B.C., Percy, D.M., Hajibabaei, M., Barrett,  S. C. H. ( 2008), Multiple multilocus DNA barcodes from the plastid genome discriminate plant species equally well. PLoS One; 3: e2802.
Smith,  M.A., Bertrand, C., Crosby, K., Eveleigh, E.S., Fernandez-Triana,  J., Fisher, B.L., Gibbs, J., Hajibabaei, M., Hallwachs, W., Hind, K., Hrcek, J., Huang, D-W., Janda, M., Janzen, D. H., Yanwei, L., Miller, S. E.,  Packer, L., Quicke, D., Ratnasingham, S., Rodolphe, J.,  Rougerie, R., Shaw, M. R., Sheffield, C., Stahlhut, J. K., Steinke, D., Whitfield, J., Wood, M., Zhou, X. (2012), Wolbachia and DNA barcoding insects: patterns, potential, and problems. PLoS One; 7: e36514.
Links, M.G., Dumonceaux, T.J., Hemmingsen, S.M., Hill, J.E. (2012),The chaperonin-60 universal target is a barcode for bacteria that enables de novo assembly of metagenomic sequence data. PLoS One. 7: e49755.
Case, R.J., Boucher, Y., Dahllöf, I., Holmström, C., Doolittle, W.F., Kjelleberg, S. ( 2007), Use of 16S rRNA and rpoB genes as molecular markers for microbial ecology studies. Appl Environ Microbiol. 73: 278-288..
Tian, Q., Zhao, W., Lu, S., Zhu, S., Li, S. (2016). DNA Barcoding for Efficient Species- and Pathovar-Level Identification of the Quarantine Plant Pathogen Xanthomonas. PLoS ONE. 11(11): e0165995. http://doi.org/10.1371/journal.pone.0165995
Makarova, O., Contaldo, N., Paltrinieri, S., Kawube, G., Bertaccini, A., Nicolaisen, M. (2012), DNA Barcoding for Identification of “Candidatus Phytoplasmas” Using a Fragment of the Elongation Factor Tu Gene. PLoS ONE. 7(12): e52092.
Seifert, K.A., Samson, R.A., Dewaard, J.R., Houbraken, J., Lévesque, C.A., Moncalvo, J.M., Seize, G. L.,  Hebert, P. D. N., (2007 ), Prospects for fungus identification using COI DNA barcodes, with Penicillium as a test case. Proc Natl Acad Sci USA. 104: 3901-3906.
Ebach, M. C., Holdrege, C. 2005. DNA barcoding is no substitute for taxonomy. Nature. 434:1-2..
Vialle, A., Feau, N., Allaire, M., Didukh, M., Martin, F., Moncalvo, J. Hamelin, R. C. (2009), Evaluation of mitochondrial genes as DNA barcode for Basidiomycota. Molecular Ecology Resources. 9:99-113..
Bala, K., Robideau, G. P., Désaulniers, N., de Cock, A. W. A. M., Lévesque, C. A. (2010), Taxonomy, DNA barcoding and phylogeny of three new species of Pythium from Canada. Persoonia. 25:22–31.
Floyd, R., Abebe, E., Papert, A., Blaxter, M. (2002), Molecular barcodes for soil nematode identification . Mol. Ecol. 11: 839-50.
De Ley, P., De Ley, I.T., Morris, K, Abebe,  E., Mundo-Ocampo, M., Yoder, M., Heras, J., Waumann, D., Rocha-Olivares, A., Jay Burr, A.H., Baldwin, J.G., Thomas, W.K. (2005), An integrated approach to fast and informative morphological vouchering of nematodes for applications in molecular barcoding. Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences. 360(1462):1945-1958.
Summerbell, R. C., Lévesque, C. A., Seifert, K. A., Bovers, M., Fell, J. W., Diaz, M. R., Boekhout, T., de Hoog, G. S., Stalpers, J., Crous, P. M. (2005), Microcoding: the second step in DNA barcoding. Philosophical Transactions of the Royal Society B. 360:1897–1903...
Birky, C., W. Jr. (2007), Workshop on barcoded DNA: application to rotifer phylogeny, evolution and systematic. Hydrobiologia. 593:175-183.
  • تاریخ دریافت: 05 اردیبهشت 1397
  • تاریخ بازنگری: 29 خرداد 1397
  • تاریخ پذیرش: 29 خرداد 1397